BimSem is tegelijk een van de oudste én een van de allerjongste Vlaamse scholen. Hoe dat kan? Een korte blik op de tweevoudige traditie van de school maakt dat duidelijk.

Het Klein Seminarie (1830-1988)

Het Klein Seminarie van Mechelen werd in 1830, nog in de Nederlandse tijd, gesticht door aartsbisschop Fr. de Méan, aartsbisschop van Mechelen. Het werd ondergebracht in het achttiende-eeuwse Hof van Coloma en in de restanten van het zestiende-eeuwse Hof van Hoogstraten. De eerste superior (directeur) was J. Bosmans.

Van bij zijn oprichting was het Klein Seminarie een internaat. Er waren twee afdelingen: wijsbegeerte (twee jaar, voorbereidend op het Groot Seminarie) en humaniora. Die structuur werd behouden tot 1935, toen de afdeling wijsbegeerte verhuisde naar het Sint-Jozefseminarie te Sint-Katelijne-Waver (nu Borgerstein). De oorlog bleef de school niet bespaard: de naderende Duitsers beschoten de toren.  Het torengebouw werd mee vernield.  De humaniora werd uitgebouwd met de richtingen economie, latijnse en natuurwetenschappen. In 1982 werd, door de ruime beschikbare sportinfrastructuur de sporthumaniora opgericht en in 1985 ook de richting handel.  In de sporthumaniora werden ook de eerste externen toegelaten.

De internen konden vanaf 1985 geleidelijk de nog negentiende-eeuwse slaapzalen met chambretten verlaten en hun intrek nemen in nieuwe, individuele kamers

De Katholieke Normaalschool Mechelen, later het Berthoutinstituut (1879-1988)

 In 1879, het jaar van de "ongelukswet" van Van Humbeeck, werd door Th. Van Campenhout, toen plebaan-deken van de St.-Romboutskathedraal en tevoren superior van het Klein Seminarie (1854-1865), de Katholieke Normaalschool van Mechelen gesticht. In het kader van de heersende schoolstrijd zouden daar onderwijzers opgeleid worden voor de vrije katholieke lagere scholen. De school werd gevestigd in gebouwen "Onder den Toren" (nu de eerste-graadsschool van TSM).

In 1957 werd op de Schuttersvest lager middelbaar onderwijs opgericht in de "Algemene Middelbare van de Katholieke Normaalschool" , vanaf 1965 "Vrije Middelbare School" (V.M.S.) genoemd, in de gebouwen van het vroegere pensionaat van de Dames de Marie. Door die oprichting zou, na het afschaffen van de vierde graad lager onderwijs, de doorstroming van het lager onderwijs naar de onderwijzersopleiding behouden blijven.

In 1966-’68 verhuisden de Katholieke Normaalschool, de V.M.S. en hun lagere school naar de Bleekstraat. Op een vrijgemaakt perceel van het Klein Seminarie werd daar een nieuw gebouw gezet. Omdat de Normaalschool vanaf die tijd ook een diploma secundair onderwijs ging uitreiken en dus een "gewone middelbare school" in huis had, werd voor alle afdelingen een nieuwe benaming aangenomen. Men koos voor Berthoutinstituut Mechelen (B.I.M.), naar het middeleeuwse geslacht dat vlakbij de nieuwe vestiging een versterking had. De school was een van de eerste in Vlaanderen die de studierichting menswetenschappen inrichtte (1968).

In 1981, onder het directeurschap van H. Van Hauwe, werd het onderwijs gemengd. In 1987 werd de onderwijsopleiding afgesplitst van de secundaire afdeling en gefuseerd met de lerarenopleiding van de Normaalschool van Onze-Lieve-Vrouw-Waver.

Het Berthoutinstituut - Klein Seminarie (1988- )

In 1988 fuseerden beide scholen tot een geheel met 670 leerlingen in het secundair onderwijs. De benaming van de "nieuwe" school werd Berthoutinstituut-Klein Seminarie (BimSem).

De eerste directeur was G. Claus, tevoren directeur van het Klein Seminarie.

De renovatie van het internaat werd in 1994 voltooid. In 1995 werd het internaat toegankelijk voor meisjes en breidde het zich ook uit tot het eerste leerjaar van het lager onderwijs.

Even na de laatste eeuwwisseling rondde het secundair onderwijs de kaap van de 1000 leerlingen. In het schooljaar 2007 -2008 waren het er 1100. In het basisonderwijs waren er 285 leerlingen (verspreid over twee locaties). Het aantal internen bedroeg 230.